由於房地產企業近50%的成本是土地成本和相關費用，是否可以扣除獲得土地的成本以及如何扣除。在營地改革後，不同的獲取土地的方式是否不同，同樣的情節是分開的。開發項目如何扣除增值稅是房地產公司非常關注的問題。
從5月1日開始，房地產行業進入了”營地變動增加”試點，因為房地產企業近50%的成本是土地成本和相關費用，因此可以扣除土地收購的成本，以及如何扣除在營地變動後土地收購的不同方式，以及如何在同一土地開發項目中扣除增值稅，這些都是房地產企業非常關注的問題。
土地轉讓的方式
通常，房地產企業取得土地的方式是多樣的，假設其是通過轉讓的方式取得土地，即在市場上兩個企業交易主體間進行土地轉讓，那么根據財稅[2016]36號文(目前最為重要的營改增操作性文件)的相關規定，轉讓土地使用權是增值稅的應稅行為，稅率為11%。所以，由於上一環節轉讓土地使用權征收了11%的增值稅，所以下一環節購買方可抵扣11%的增值稅，增值稅的抵扣鏈條是完整的，這種取得土地的方式完全可以在計算房地產企業增值稅時，運用抵扣法來實現土地成本進項稅額的抵扣。
土地出讓的方式
假設獲得土地的方式是轉移，即政府將土地出售給房地產開發企業。然後，由於政府不對土地征收增值稅，企業支付的土地出讓金將無法獲得增值稅專用發票作為進項稅抵免。
為解決這一特殊問題，給出了房地產開發企業減稅，在36中扣除了土地轉讓費的成本，並采用傳統的扣除法以外的另一種方法來衡量稅法。
顯然，差異稅不是通過發票認證扣除成本，扣除，而是扣除銷售中的土地成本，即房地產開發企業的銷售收入，當然，房地產的扣除方法仍用於開發企業向建築公司支付的建設資金。
在具體操作方面，即房地產開發企業的一般納稅人在扣除支付給政府部門的土地價格後，銷售其開發的房地產項目，以及獲得的總價格和成本費用。轉讓土地時，是銷售額。也就是說，通過計算銷售差異的方法扣除土地轉讓費。
但上述餘額中扣除土地出讓金的政策僅適用於新建房地產項目。假設是房地產老項目，且選擇簡單的征稅方式，則不允許扣除土地出讓金。可以判斷，在房地產稅收方面，新老項目差別很大。新項目適用的稅率為11%，按照一般的計稅方法(營業稅-手續稅=應納稅額)，允許抵扣進項稅，在計算營業稅時可以抵扣土地出讓金。舊項目適用征收率為3%。采用簡易計稅方法(不含稅銷售額*稅率=應納稅額)。不允許抵扣進項稅額，不允許從銷售中抵扣土地出讓金。因此，如何界定新老項目是非常關鍵的，因為它關系到每個房地產企業的稅收成本。
根據國家稅務總局和國家稅務總局2016年第18號公告的有關規定，新舊房地產項目的分類標准主要有三種：一是2016年4月30日前簽訂合同的房地產項目，即“第二，”建築工程施工許可證“，但建設工程合同中注明的施工項目在2016年4月30日前是舊工程;第三，未取得”施工許可證“但在4月30日前開工日期的建設項目是舊工程。
以上規定是在三種情況下作出的，主要是針對我國的實際情況，由於行業管理的不規范，仍有一些在建項目沒有建設項目的施工許可證，根據事實比形式更重要的原則，在沒有建築工程施工許可證的情況下，也可以根據施工合同規定的開工日期確定是否為舊項目。
但是，一般來說，房地產企業統一取得一塊土地分期再開發，即土地出讓金成本需要分攤到不同的項目上，有的項目是新的，可以扣除土地出讓金;有的項目是老的，不能不扣除。因此，在管理上會有一些困難。為了准確收取不同項目的土地出讓金成本，稅法規定，當期允許扣除的土地價格等於當期支付的土地價格。其中，本期銷售的房地產項目建築面積，是指本期增值稅對應的營業稅申報建築面積。房地產項目可售面積是指房地產項目可售總面積，不包括房地產項目銷售時未單獨計價結算的公共設施面積。也就是說，不同項目的土地出讓金成本的分攤，是根據該房地產項目目前的銷售面積與可供銷售的建築面積之比，乘以土地出讓金的總成本來確定土地出讓金的多少。可在本期扣除。
從某種意義上看，這樣的成本歸集方式還是比較合理的，用通俗易懂的話來講，房地產企業當期的銷售收入會決定其扣除土地出讓金的占比，房子賣得多扣得多，賣得少扣得少，假設完全賣不動了，則沒有扣除。因此，房地產企業的銷售壓力會較大，因為貨幣是有時間價值的，房子銷售情況不好將影響到其前期支付的土地出讓金成本沉澱。但是，無論如何，允許房地產企業土地出讓金作差額計稅，會大大降低房地產企業的成本，對其是利好。
土地出讓金+拆遷補償費方式
土地出讓金成本的扣除需要具有憑據，根據稅法的相關規定，扣除的政府性基金、行政事業性收費或向政府支付的土地價款，以省級以上(含省級)財政部門監(印)制的財政票據為合法有效憑證。因此，假設房地產企業要扣除土地出讓金，必須要獲得合法的有效憑證。筆者在調研時發現，有些房地產企業與政府在簽訂土地出讓協議時，內容十分複雜，通常會列示大量的拆遷補償費或配套設置建設的內容。其實從稅收的角度看，房地產企業要扣除土地出讓金主要關注兩個要素，一、是否政府出讓土地，二、是否取得了合法憑證。至於政府取得了該筆土地出讓金如何使用，與企業無關，與房地產業計算增值稅無關。
但是，假設房地產企業取得土地的成本由土地出讓金及協議拆遷補償費兩部分構成，則問題比較複雜。因為支付給個人的拆遷補償費是不允許作進項稅額抵扣的，同時稅法對其也沒有差額計稅的特殊規定。所以，從某種意義上來說，假設土地的成本是既定的前提下，一個企業支付的成本全部歸集為土地出讓金，而另一個企業支付的成本由土地出讓金和拆遷補償費兩部分構成。則最終這兩個企業所繳納的增值稅是不等的。
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土地出讓金+配套設施建設的方式
同時，配套設施建設是另一個複雜的問題。配套設施包括建設學校、醫院、市政設施等。
房地產開發企業免費建設配套設施的主要原因是政府以低於市場價格的地價將土地轉讓給房地產開發企業，因此，為了彌補這部分地價差異，房地產開發企業需要建設一個相當於或接近部分地價差的配套設施。歸根結底，土地流轉和配套設施建設的成本是實際的土地成本。然而，配套設施的產權顯然不屬於房地產開發企業所有，因此在稅收待遇上，無論是企業所得稅還是增值稅都帶來了一系列問題。
以增值稅為例，房地產開發企業與施工企業作為業主簽訂施工合同，並支付施工企業項目付款。但是，建設項目的進項稅抵免難以滿足，因為增值稅投入必須用於納稅。該項目可以扣除，房地產企業沒有配套設施的產權。很難找到與項目支付相對應的輸出稅和輸入的匹配。只有在沒有補償的情況下將配套設施轉讓給政府時，才能將其視為增值稅銷售的餘額。然而，從他們沒有收到錢但需要納稅的意義上看，銷售似乎對公司的現金流產生了不利影響。而且，這種模式只能扣除土地出讓金的土地出讓金的差額，不能扣除大量配套設施的建設成本。該原則與拆遷補償相一致。
因此，從房地產業的角度去看，顯然，營改增之後，其應該盡量選擇土地出讓或土地轉讓的方式來取得土地，因為，這兩種方式可實現土地成本在增值稅計算中的扣除，而盡量規避運用拆遷補償費或配套建設的方式來支付土地成本，避免實際支付土地成本由於形式的差異而無法扣除。
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